Den gamle fengeselsøya Alcatraz erobres av elitesoldater ledet av oberst Francis X. Hummel. De bruker turister som gisler og stiller inn raketter med biologiske stridshoder rettet mot San Francisco. Mannen som kan redde byens innbyggere fra en sikker død, er John Patrick Mason, den eneste fangen som har rømt fra Alcatraz og overlevd. Hvis myndighetene skal lykkes i å stoppe Hummel, må Mason lede motangrepet samme vei inn som den gang han tok seg ut.